ยามานากะออนเซ็นเป็นแหล่งออนเซ็นที่มีประวัติศาสตร์ยาวนานถึง 1,300 ปีในเมืองคางะของจังหวัดอิชิกาวะ ในสมัยโบราณ มัตสึโอะ บะโช ปรมาจารย์ด้านบทกวีไฮกุ เคยเดินทางมายังยามานากะออนเซ็นระหว่างการเดินทางครั้งหนึ่งซึ่งต่อมาเขาได้นำเอาไปเขียนลงในบันทึกที่เรียกว่า “Oku no Hosomichi (The Narrow Road to the Deep North) ในครั้นนั้น มัตสึโอะรู้สึกประทับใจกับน้ำแร่ออนเซ็นที่สบายตัวและไม่ร้อนจนเกินไปของที่นี่เป็นอย่างมากจนประพันธ์บทกวีไฮกุเกี่ยวกับออนเซ็นของที่นี่เอาไว้ว่า “Yamanaka ya kiku wa taora nu yu no nioi (มีความหมายว่า แค่แช่น้ำแร่ร้อนในยามานากะออนเซ็นก็สามารถมีอายุยืนยาวได้โดยที่ไม่ต้องหาน้ำค้างของดอกเบญจมาศที่ว่ากันว่าเป็นยาอายุวัฒนะมาดื่ม)” ทั้งนี้ โรงอาบน้ำคิคุ-โนะ-ยุ (ซึ่งแปลว่า น้ำแร่ร้อนแห่งดอกเบญจมาศ) ก็เป็นโรงอาบน้ำสาธารณะในยามานากะออนเซ็นที่ถูกตั้งชื่อตามบทกวีไฮกุของมัตสึโอะ บะโช ดังที่ได้กล่าวไปในข้างต้น ในปัจจุบัน โรงอาบน้ำแห่งนี้ยังคงมีสภาพเช่นเดิมเหมือนกับช่วงแรกที่พื้นที่แห่งนี้ถูกเปิดเป็นแหล่งออนเซ็นและเป็นสถานที่ที่ได้รับความนิยมจากผู้คนจำนวนมากมาโดยตลอดทั้งในยุคโบราณและในยุคปัจจุบัน อนึ่ง อาคารโรงอาบน้ำแช่ตัวของผู้ชายกับผู้หญิงภายในคิคุ-โนะ-ยุจะอยู่แยกกันและตั้งอยู่ในทิศทางที่หันหน้าเข้าหากัน